تولي الكلية إهتماماً كبيراً لمحور البحث العلمي، حيث وضعت خططاً إستراتيجية للبحث العلمي مثل إستغلال مخرجات البحوث العلمية للمساهمة في النهوض العلمي والتقني في البلاد، وفي سبيل تحقيق ذلك، وضعت الخطة عدداً من السياسات التي تسعى إدارة الكلية في تنفيذها مثل : تشجيع البحث العلمي المشترك بين التخصصات المختلفة – تشجيع البحث العلمي في مجال العلوم التطبيقية – إنشاء مراكز البحوث .والإستشارات الخاصة ورصد ميزانيات مقدرة للبحث العلمي – التشبيك وإنشاء شراكات بين الكلية والمؤسسات الأخرى ذات الصلة.
تشجع إدارة الكلية منسوبيها في أعضاء هيئة التدريس على الإنتاج العلمي في مجال البحوث وكتابة الأوراق العلمية وتساهم في نشرها لهم.
تم تنوير هيئة التدريس بالكلية بلائحة ترقيات أعضاء هيئة التدريس بالكليات والأكاديميات والمعاهد والمراكز الخاصة الأهلية والأجنبية لسنة 2016م، ويتم حثهم على، ومساعدتهم في إجراءات الترقي بالبحث العلمي.
أنشأت الكلية مجلة علمية محكمة بإسم (مجلة الخرطوم للعلوم التطبيقية) حيث تم التصديق النهائي لها بتاريخ 19/9/2017م.